Esta área de trabajo se dedica a construir junto a los usuarios y los diferentes actores  procesos de gestión y planificación participativa para el manejo de recursos, la conservación de la biodiversidad, diagnósticos ambientales, sociales, económicos y productivos. En este sentido, para la definición de estrategias de manejo de pesquerías y la conservación de la biodiversidad, dichos procesos se enmarcan en el Manejo con Enfoque Ecosistémico (MEE) y el Sistema de Análisis de Social (SAS), donde la participación y colaboración de los usuarios e instituciones ligadas al sector juega un rol fundamental para la definición de estrategias de desarrollo sectoriales integrales y articuladas entre los actores involucrados.

Entre las asesorías que ECOS realiza se encuentran:

• Apoyos y asesoría para la conformación de Comités de Manejo.
• Diseño y elaboración de Planes de Manejo de Recursos Pesqueros.
• Talleres de intercambio de experiencias entre usuarios y comunidad científica.
• Diseño de Planes, programas y proyectos para el desarrollo productivo local.
• Diseño de elaboración de Planes de Gestión y Administración de Áreas Marinas Protegidas.